Sono assai più frequenti delle complicanze arteriose ed insorgono nel decorso della malattia di Behçet in oltre la metà dei pazienti. La tromboflebite superficiale è la complicanza venosa più comune con prevalenza pari al 22-25%. Si localizza prevalentemente agli arti inferiori ed evolve determinando circoli collaterali e noduli sottocutanei a lungo persistenti con caratteristiche infiammatorie. Una presentazione clinica analoga (pseudotromboflebite) possono avere la cisti di Baker, un aneurisma dell'arteria poplitea oppure una miosite del polpaccio. Le tromboflebiti superficiali si accompagnano in oltre il 20% dei casi a trombosi venose profonde. Le trombosi venose profonde interessano più frequentemente gli arti inferiori e/o la vena cava inferiore. Maschi giovani, affetti da malattia di Behçet, se colpiti da trombosi venose profonde hanno maggiore probabilità di essere affetti anche da complicanze trombotiche alle arterie polmonari, che debbono sempre essere sospettate e che non devono essere attribuite ad embolia polmonare, condizione meno frequente. Infatti l'embolia polmonare è rara nella malattia di Behçet e raramente conduce a morte, mentre l'arterite della arterie polmonari determina la formazione di pseudoaneurismi la cui rottura può essere facilitata dalla terapia anticoagulante con conseguenze letali. Inoltre le trombosi venose profonde ricanalizzano frequentemente per evoluzione spontanea o favorita da terapia con corticosteroidi con o senza antiaggreganti. La trombosi della vena cava inferiore può tuttavia indurre insufficienza renale per trombosi delle vene renali ovvero sindrome di Budd Chiari (possibile eccezionalmente per trombosi isolata delle vene sovraepatiche) con rischio di emorragia grave da varici esofagee ed insufficienza epatica tardiva. Le trombosi della vena cava superiore sono meno frequenti di quelle della inferiore, ma la malattia di Behçet ne è la principale causa in giovani maschi nel bacino del Mediterraneo. Nonostante il riscontro di anticorpi anti-fosfolipidi sembri essere più frequente nella malattia di Behçet che nella popolazione generale, tuttavia non è stata dimostrata una correlazione statisticamente significativa tra la presenza nel siero di anticorpi anti-cardiolipina e complicanze vascolari o neurologiche, salvo l'eritema nodoso. La trombosi delle vene intracraniche si associa, in oltre il 60% dei pazienti, a trombosi venose profonde in altra sede, raramente a meningo-encefalite. Determina ipertensione endocranica benigna con cefalea e papilledema, associata a segni focali, e viene riconosciuta mediante angiografia digitale a sottrazione con risonanza magnetica.