Sono il segno di presentazione in molti ma non in tutti i pazienti. Le ulcere possono essere di tipo aftoso (minori o maggiori) o erpetiforme. Poichè queste ulcere sono molto comuni nella popolazione generale potrebbero essere poco considerate (anche dal medico). Le piccole ulcere di tipo aftoso sono riscontrate nel 67% del Behçet di tipo neurologico e nel 76% in quello di tipo oculare, mentre le grandi ulcere aftose (più gravi) sono riscontrate nel 40 e 64% dei tipo mucocutaneo ed artritico rispettivamente. Le ulcere di tipo erpetiforme sono riscontrate soprattutto nella forma a prevalente interessamento mucocutaneo (45%) della malattia di Behçet. Una caratteristica essenziale delle ulcere orali, ai fini diagnostici, è la tendenza a recidivare ad intervalli di settimane o mesi (intervallo variabile da paziente a paziente). Le lesioni orali sono pressochè indistinguibili sia sul piano clinico che sul piano istopatologico dalle comuni afte e pertanto non sono da sole indicative per al diagnosi. Le lesioni possono essere localizzate in qualsiasi zona del cavo orale, più spesso però interessano la mucosa del labbro, del frenulo e delle guance, mentre il palato è solo raramente colpito. Le afte minori, del diametro di qualche mm si presentano inizialmente come chiazzette eritematose , rotondeggianti od ovalari, intensamente dolenti. Dopo 1-2 giorni la porzione centrale della lesione si disepitelizza e si viene a formare una piccola abrasione che poi si approfondisce progressivamente fino a formare una vera e propria ulcerazione ricoperta da una patina giallastra. Spesso si apprezza un alone eritematoso che circonda l'ulcerazione centrale. La guarigione completa richiede circa 2 settimane e non porta in genere ad esiti cicatriziali. Più spesso gli elementi sono multipli , talvolta confluenti e tipicamente recidivanti. Le afte maggiori (1-3 cm ?) sono più rare e possono localizzarsi in aree, come il palato, generalmente non colpite da afte minori. L'ulcerazione è più profonda, il dolore più intenso e gli esiti cicatriziali molto più frequenti. Le afte erpetiformi si caratterizzano per la comparsa contemporanea di numerose lesioni erosive, spesso raggruppate, da cui il nome erpetiforme molto dolenti. Talvolta, in occasione delle successive recidive della malattia i pazienti con malattia di behçet, possono presentare varietà cliniche diverse di afte.